Sungguhpun kafe siber diwujudkan bagi memberi kemudahan capaian Internet kepada orang awam, terdapat beberapa isu negatif yang dikaitkan dengan kafe siber seperti berikut:-

1. Gejala ponteng sekolah.
2. Gejala ketagihan internet serta permainan komputer.
3. Muat turun yang tidak sah (cetak rompak) seperti lagu MP3, perisian komputer dan klip video.
4. Pelayaran serta muat turun kandungan lucah.
5. Merebaknya jangkitan virus komputer dengan mudah kepada media storan mudah alih pengguna seperti pemacu kilat USB dan disket.